총괄납부 신고서에 지점 매출·매입을 포함해 제출했으나 지점 자체적으로 부가세를 미신고한 경우, 이를 미신고로 보아야 하나요?

주사업장 총괄납부 사업자가 종사업장의 매출 및 매입 내역을 주사업장 신고서에 합산하여 신고·납부하였더라도, 종사업장 관할 세무서장에게 별도의 신고서를 제출하지 않았다면 해당 종사업장분은 무신고로 간주됩니다.

부가가치세법상 총괄납부 사업자라 하더라도 정기 신고(예정·확정) 시에는 각 사업장별로 신고서를 작성하여 관할 세무서장에게 제출하는 것이 원칙입니다. 주사업장 관할 세무서장에게 '사업장별 부가가치세 과세표준 및 납부세액 신고명세서'를 첨부하여 총괄하여 납부하는 것은 납부·환급 절차에 관한 것이며, 각 사업장별 신고 의무를 면제하는 것은 아닙니다.

따라서 종사업장 관할 세무서에 신고서를 제출하지 않은 경우, 해당 사업장에 대해서는 무신고가산세가 적용될 수 있습니다. 다만, 각 사업장별로 작성한 신고서를 관할 세무서장이 아닌 다른 세무서장에게 제출한 경우에는 무신고로 보지 않는다는 예외 규정이 있으므로, 실제 제출된 서류의 경로와 내용을 확인하시기 바랍니다.

가산세 부과와 관련하여, 총괄납부 사업자가 종사업장의 실적을 주사업장에 합산하여 신고·납부한 경우 무신고 또는 과소신고가산세가 적용될 수 있으나, 납부불성실가산세는 총괄납부세액을 기준으로 계산하거나 중복 적용을 배제하는 등의 조정이 있을 수 있습니다. 구체적인 가산세 적용 여부는 관할 세무서의 경정 과정에서 결정되므로, 관련 증빙을 갖추어 소명하시기 바랍니다.