종합여행업을 영위하는 사업자의 부가가치세 과세표준은 여행알선용역을 제공하고 받는 알선수수료이며, 관광객으로부터 단순히 수탁받아 지급하는 숙박비, 운송비 등은 공급가액에 포함하지 않습니다. 다만, 관광객에게 여행의 목적지와 기간만을 제시하고 관광객이 부담해야 할 비용의 종류별 금액과 알선수수료를 구분하지 않고 받는 대가는 그 대가 전액이 공급가액이 됩니다.
종합여행업은 일반과세자로 등록하는 경우가 많으며, 매출세액(공급가액의 10%)에서 매입세액을 차감하여 납부세액을 계산합니다. 만약 연간 매출액이 1억 400만 원 미만인 경우 간이과세자로 적용받을 수 있으나, 이 경우 매입세액 공제 방식이 달라지며 환급이 불가능하다는 점을 고려해야 합니다.