국내사업자가 국외사업자로부터 매입세액이 공제되지 않는 용역을 공급받을 때 대리납부 의무를 지는 이유는, 과세사업자라 하더라도 매입세액 공제가 불가능한 용역을 공급받는 경우까지 대리납부 의무를 면제하면 부가가치세가 과세되지 않는 사각지대가 발생하여 조세 중립성을 해칠 수 있기 때문입니다.
일반적으로 과세사업자가 국외사업자로부터 용역을 공급받아 대리납부하는 경우, 납부한 부가가치세액을 매입세액으로 공제받을 수 있어 실질적인 세수 효과가 없습니다. 이러한 이유로 과세사업자에 대해서는 대리납부 의무를 면제하는 것이 원칙입니다. 그러나 매입세액이 공제되지 않는 용역(예: 사업과 직접 관련 없는 지출, 비영업용 승용차 유지비 등)을 공급받는 경우에는 대리납부한 세액을 매입세액으로 공제받을 수 없으므로, 대리납부 제도를 통해 소비지국 과세원칙에 따른 부가가치세를 최종적으로 부담하게 함으로써 국내사업자와의 과세 형평성을 유지하는 것입니다.
즉, 이 제도는 국내사업자가 국외사업자로부터 용역을 공급받아 국내에서 소비할 때, 해당 용역이 과세사업에 사용되어 매입세액 공제가 가능한 경우를 제외하고는 부가가치세를 부담시키기 위해 설계된 장치입니다.