조세감면 신청기한이 경과한 후 감면신청을 하여 감면결정을 받은 경우에는 감면신청일이 속하는 과세연도와 그 후의 남은 감면기간에 대해서만 감면이 적용되며, 감면결정을 받기 이전에 이미 납부한 세액은 환급되지 않습니다.
외국인투자기업의 조세감면은 원칙적으로 사업개시일이 속하는 과세연도의 종료일까지 신청해야 합니다. 다만, 기한을 넘겨 신청하더라도 감면결정을 받을 수는 있으나, 이 경우 소급하여 감면을 적용받을 수 없으며 이미 납부한 세액에 대한 환급도 불가능합니다. 이는 외국인투자기업뿐만 아니라 지방세 감면의 경우에도 동일하게 적용됩니다.
다만, 착오나 이중납부 등 세법상 환급 사유가 발생하여 경정청구를 하는 경우라면 국세기본법상 부과제척기간(일반적으로 5년) 이내에 경정청구를 통해 환급받을 수 있습니다. 따라서 단순히 감면 신청기한이 경과한 것인지, 아니면 세액을 과다하게 납부하여 경정청구 대상인지를 구분하여 확인하시기 바랍니다.