고속도로 통행료의 부가가치세 매입세액 공제 여부는 해당 도로의 운영 주체에 따라 달라집니다.
한국도로공사가 운영하는 일반 고속도로 통행료는 부가가치세가 면제되는 사업에 해당하여 매입세액 공제를 받을 수 없습니다. 반면, 민자 고속도로 운영업체가 징수하는 통행료는 부가가치세가 과세되는 용역이므로, 사업자가 해당 통행료를 지급하고 세금계산서나 신용카드 매출전표 등 적격증빙을 수취한 경우에는 매입세액 공제가 가능합니다.
따라서 서울터널 등 민자 도로를 이용하는 경우, 해당 운영업체에 사업자등록증을 제시하고 세금계산서 발급을 요청하거나, 신용카드 결제 내역을 통해 적격증빙을 확보해야 매입세액 공제를 적용받을 수 있습니다. 다만, 하이패스 이용 시에는 사용처가 혼재되어 있을 수 있으므로 민자 도로 이용분만 별도로 구분하여 증빙을 관리하는 것이 중요합니다.