수익사업과 고유목적사업이 함께 있는 사업장의 부가가치세 신고는 어떻게 하나요?

비영리법인이 수익사업과 고유목적사업을 겸영하는 경우, 수익사업과 관련된 매입세액은 실지귀속에 따라 구분하여 공제하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등을 적용하여 안분 계산해야 합니다.

부가가치세 신고 및 납부 절차

1. 수익사업 개시 신고: 비영리법인이 새로 수익사업을 시작하는 경우, 사업 개시일부터 2개월 이내에 수익사업 개시신고서와 재무상태표 등을 관할 세무서장에게 제출해야 합니다.
2. 사업자등록: 수익사업을 영위하는 비영리법인은 일반 영리법인과 동일하게 사업자등록을 해야 하며, 수익사업에서 발생하는 매출세액에서 매입세액을 차감하여 부가가치세를 신고·납부합니다.
3. 공통매입세액 안분 계산: 과세사업(수익사업)과 면세사업(고유목적사업 등)에 공통으로 사용되는 재화나 용역을 공급받은 경우, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 다음 계산식에 따라 안분합니다.
   • 면세사업등에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × (면세공급가액 / 총공급가액)
   • 예정신고 시에는 예정신고기간의 비율로 안분하고, 확정신고 시 정산합니다.
4. 세금계산서 합계표 제출: 부가가치세 납세의무가 없는 고유사업만을 영위하는 경우에도 세금계산서를 교부받은 경우에는 매입처별 세금계산서합계표를 과세기간 종료 후 25일 이내에 제출해야 합니다.

유의사항

• 수익사업의 범위: 비영리법인의 수익사업은 법령에 열거된 사업(제조업, 건설업, 도매·소매업, 임대업 등)을 의미하며, 고유목적사업이라 하더라도 대가를 받고 계속적으로 행하는 사업은 수익사업에 해당할 수 있습니다.
• 구분경리: 수익사업과 비수익사업의 자산, 부채 및 손익은 각각 별개의 회계로 구분하여 경리해야 하며, 이는 세무 신고의 기초가 됩니다.
• 가산세 주의: 예정신고 대상이 아님에도 착오로 신고하거나, 확정신고 시 예정신고분을 누락하는 경우 가산세가 발생할 수 있으므로 신고 기한과 대상 여부를 정확히 확인하시기 바랍니다.