도매업에서 수산물 면세매출이 많고 과세매출이 거의 없는 경우, 과세매입이 있다면 공통매입세액 정산을 해야 하나요?

과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자가 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액을 부담한 경우, 과세사업과 면세사업의 공급가액이 모두 발생한다면 해당 과세기간의 확정신고 시 공통매입세액을 정산해야 합니다.

공통매입세액의 안분계산 및 정산은 다음과 같은 원칙에 따라 진행됩니다.

1. 실지귀속 우선: 매입세액이 과세사업과 면세사업 중 어디에 직접 사용되는지 구분할 수 있다면, 해당 사업의 귀속에 따라 공제 또는 불공제합니다. 실지귀속이 불분명한 경우에만 안분계산 대상이 됩니다.
2. 안분계산: 예정신고 시에는 예정신고기간의 총공급가액에 대한 면세공급가액 비율로 안분계산합니다.
3. 정산: 확정신고 시에는 해당 과세기간 전체의 총공급가액에 대한 면세공급가액 비율을 기준으로 이미 공제받은 세액을 정산합니다.
4. 공급가액이 없는 경우: 과세기간 중 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에는 매입가액 비율, 예정공급가액 비율, 예정사용면적 비율 순으로 안분계산하며, 이후 공급가액이 확정되는 과세기간에 정산합니다.

다만, 다음의 경우에는 안분계산을 생략하고 전액 공제할 수 있습니다.

• 해당 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액 비율이 5% 미만이고, 공통매입세액이 500만원 미만인 경우
• 해당 과세기간의 공통매입세액이 5만원 미만인 경우

귀하의 경우처럼 과세매출이 거의 없는 상황이라 하더라도, 과세사업과 면세사업을 겸영하며 공통매입세액이 발생한다면 위 규정에 따라 안분 및 정산 절차를 거쳐야 합니다. 특히 면세사업 관련 매입세액은 매출세액에서 공제되지 않으므로, 실지귀속을 명확히 구분하여 관리하시기 바랍니다.