납세고지서는 과세관청이 납세의무자에게 세액을 결정하여 납부를 요구하는 행정처분인 반면, 자납분은 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 신고하고 납부하는 절차를 의미하므로 두 개념은 성격이 다릅니다.
따라서 납세고지서는 과세관청의 징수 처분이며, 자납분은 납세자의 신고·납부 행위라는 점에서 차이가 있습니다. 다만, 자진신고를 하였으나 세액을 납부하지 않은 경우에는 과세관청이 고지서를 발급하여 징수하게 되는데, 이때의 고지서는 이미 확정된 조세채무의 이행을 명하는 징수처분의 성격을 갖습니다.