전문 비급여 의약품에 대한 부가세 공제가 가능한가요?

의사 처방전에 의한 조제용역은 부가가치세가 면제되므로, 해당 조제에 사용된 전문의약품 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없습니다.

부가가치세법상 약국은 과세사업(일반의약품 판매 등)과 면세사업(조제용역)을 겸영하는 사업자입니다. 매입세액 공제 여부는 해당 의약품이 과세사업에 사용되는지, 면세사업에 사용되는지에 따라 결정됩니다.

• 공제 불가능: 의사의 처방전에 따라 조제되는 전문의약품은 면세사업인 '의료보건 용역'에 해당하므로, 이를 구입할 때 부담한 부가가치세액은 매입세액 공제 대상이 아닙니다. 다만, 불공제된 매입세액은 의약품 매입원가에 포함하여 종합소득세 신고 시 필요경비로 산입할 수 있습니다.
• 공제 가능: 일반의약품 등 과세 대상 재화를 사업과 관련하여 구입한 경우에는 매입세액 공제가 가능합니다. 단, 일반의약품이라 하더라도 조제용역에 사용되는 경우에는 면세 관련 매입세액으로 보아 공제받을 수 없습니다.
• 공통매입세액 안분: 조제와 일반 판매에 공통으로 사용되는 의약품이나 임차료, 전기료 등은 과세 매출 비율에 따라 안분 계산하여 과세 매출에 해당하는 비율만큼만 매입세액 공제를 받을 수 있습니다.

따라서 전문의약품은 면세 매출과 직접 관련되므로 매입세액 공제가 불가능하며, 과세·면세 겸영에 따른 공통 비용은 안분 계산 절차를 거쳐야 함을 유의하시기 바랍니다.