공공보조금의 부가가치세 과세 여부는 보조금의 지급 형태가 아닌, 해당 보조금이 재화 또는 용역의 공급과 직접적인 대가 관계가 있는지에 따라 결정됩니다.
따라서 보조금이 과세 대상인지 여부는 결제 수단(카드 등)이나 거래 방식(건별 등)이 아니라, 보조금의 성격이 '공급에 대한 대가'인지 '재정적 원조'인지를 기준으로 판단해야 합니다. 만약 보조금이 공급의 대가로 인정된다면, 해당 금액을 포함하여 세금계산서를 발급하거나 과세표준에 포함하여 신고해야 합니다.