대리납부제도와 사업양수인의 대리납부제도가 서로 다른 납부 기한을 가지는 이유는 제도의 도입 목적과 거래의 성격이 다르기 때문입니다.
국내 사업장이 없는 국외사업자로부터 용역 등을 공급받는 경우 적용되는 일반 대리납부제도는, 국외사업자가 국내에서 부가가치세를 직접 신고·납부하기 어려운 상황을 보완하기 위해 도입되었습니다. 이 제도는 공급받은 용역이 면세사업 등에 사용되어 매입세액 공제를 받을 수 없는 경우, 부가가치세가 과세되지 않는 사각지대를 방지하는 것이 주된 목적입니다. 따라서 이 제도는 일반적인 부가가치세 신고·납부 체계인 예정신고 또는 확정신고 기한을 준용하여 운영됩니다.
사업양수인의 대리납부제도는 사업의 포괄양도 여부가 불분명할 때 발생하는 세무 리스크를 해소하기 위한 특례 제도입니다.
결론적으로, 일반 대리납부는 국외사업자의 납세 의무를 보완하는 일반적인 신고 체계를 따르는 반면, 사업양수인의 대리납부는 사업 포괄양도라는 특수한 거래 형태에서 발생하는 분쟁을 방지하고 조세 채권을 신속히 확보하기 위해 별도의 기한을 설정한 것입니다.