사업자단위과세 사업자로 등록된 경우, 본점에서 모든 사업장의 세금계산서를 일괄 수취하고 사업장별 명세를 본점에서 작성하여 제출하는 것은 적법한 처리 방법입니다.
사업자단위과세제도는 2개 이상의 사업장이 있는 사업자가 본점 또는 주사무소 관할 세무서장에게 등록한 경우, 세금계산서 발급 및 부가가치세 신고·납부 등 납세의무를 본점에서 일괄 이행하는 제도입니다. 귀하의 경우 다음과 같은 절차와 기준에 따라 업무를 처리하시면 됩니다.
세금계산서 수취 및 발급: 본점 명의로 세금계산서를 수취하되, 실제 재화나 용역을 공급받는 종된 사업장의 상호와 소재지를 비고란에 기재하여 관리하는 것이 추후 증빙 관리 및 세무 소명 시 명확합니다. 전자세금계산서 발급 시에도 공급받는 자의 종사업장 번호를 선택하여 정확히 기재해야 합니다.
신고 및 명세서 작성: 사업자단위과세자는 부가가치세 신고 시 '사업자단위과세의 사업장별 부가가치세 과세표준 및 납부세액(환급세액) 신고명세서'를 반드시 작성하여 제출해야 합니다. 이는 본점 관할 세무서에 신고할 때 주사업장과 각 종사업장의 매출·매입 내역을 구분하여 작성하는 서식입니다.
가산세 관련: 지점의 거래분을 본점 사업자등록번호로 합산하여 제출하는 것은 가산세 대상이 아니므로 문제가 없습니다. 다만, 신고명세서를 누락하거나 부실하게 기재할 경우 가산세가 발생할 수 있으므로 각 사업장별 내역을 정확히 구분하여 작성하시기 바랍니다.
따라서 현재 본점에서 일괄 수취하고 명세를 작성하는 방식은 제도의 취지에 부합하며, 신고 시 필수 서식인 '사업장별 신고명세서'를 누락 없이 작성하여 본점 관할 세무서에 제출하시면 됩니다.