대중교통 이용료는 부가가치세가 면제되는 여객운송용역에 해당하므로, 사업과 관련하여 지출하더라도 매입세액 공제를 받을 수 없습니다.
부가가치세법상 여객운송용역은 원칙적으로 면세 대상입니다. 다만, 항공기, 고속버스, 전세버스, 택시, 고속철도 등 일부 운송수단은 과세 대상으로 분류되지만, 이들 역시 세금계산서 발급이 불가능한 업종이거나 매입세액 공제 대상에서 제외되는 사업자로 열거되어 있어 신용카드 매출전표 등을 수취하더라도 매입세액 공제가 불가능합니다.
단, 전세버스 운송업의 경우 예외적으로 세금계산서 발급이 가능하여 업무용으로 사용한 경우 매입세액 공제를 받을 수 있습니다. 매입세액 공제를 받지 못한 대중교통 이용료나 여객운송비는 사업과 관련된 지출임이 확인된다면 종합소득세 신고 시 필요경비로 산입하여 비용 처리는 가능합니다.