계약금과 중도금을 수령할 때 세금계산서를 발급하셨다면, 해당 시점에 이미 부가가치세 매출세액을 신고 및 납부하셨을 것입니다.
부가가치세법상 재화나 용역의 공급시기가 되기 전에 대가의 전부 또는 일부를 받고 세금계산서를 발급하면, 그 발급한 때를 공급시기로 보아 부가가치세를 과세합니다. 따라서 귀하께서 계약금과 중도금을 받을 때마다 세금계산서를 발급하셨다면, 각 발급 시점이 공급시기가 되어 해당 금액에 대한 부가가치세(매출세액)를 이미 신고하고 납부하셨을 것으로 판단됩니다.
회계처리 시 선수금과 함께 계상된 부가세예수금은 이미 신고가 완료된 매출세액을 의미하며, 잔금 시점에 전체 공급가액에 대한 매출을 확정하면서 기발급된 세금계산서와 관련된 선수금 및 부가세예수금을 상계 처리하는 것이 적절합니다. 만약 잔금 시점에 전체 6,000만 원에 대한 세금계산서를 새로 발급하는 것이 아니라, 기발급된 세금계산서들의 합계로 정산하는 구조라면 이미 신고된 매출세액을 차감하는 회계처리가 이루어지게 됩니다.