매매계약 시 부가가치세에 대한 별도의 약정이 없거나 부가가치세 포함 여부가 불분명한 경우, 해당 매매대금에는 부가가치세가 포함된 것으로 보아 과세표준을 산출하는 것이 타당합니다.
부가가치세법상 사업자가 재화나 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 부가가치세가 별도로 표시되어 있지 않거나 포함 여부가 불분명한 경우에는, 거래금액의 110분의 100에 해당하는 금액을 공급가액으로 봅니다. 이는 거래 당사자 간에 부가가치세에 대한 특별한 약정이 없는 경우, 총 매매대금에 부가가치세가 포함되어 있다고 해석하는 것이 일반적인 법리입니다.
관련 판례에서도 모텔 신축·매매 계약 시 건물과 토지의 가액을 구분하지 않고 매매대금을 약정하면서 부가가치세에 대한 별도의 약정이 없었던 사안에 대해, 총 매매금액에 건물분 부가가치세가 포함된 것으로 보아 과세표준을 산출해야 한다고 판시한 바 있습니다. 따라서 계약서 작성 시 부가가치세 별도 여부를 명확히 기재하지 않으면, 매도인은 매매대금 내에서 부가가치세를 부담해야 하는 결과가 발생할 수 있으므로 주의가 필요합니다.