네, 종합소득세 환급 및 경정청구와 관련하여 대법원은 다음과 같은 법리를 판시하고 있습니다.
환급거부처분의 항고소송 대상 여부: 대법원은 국세환급금 결정이나 그 결정을 구하는 신청에 대한 환급거부결정은 납세의무자가 갖는 환급청구권의 존부나 범위에 직접적인 영향을 미치는 처분이 아니라고 보아, 항고소송의 대상이 되는 처분으로 볼 수 없다고 판시하였습니다(대법원 2002. 11. 8. 선고 2001두8780 판결 등).
경정청구의 원고적격: 종합소득세 신고·납부 업무를 처리한 관리사무소 소장과 같은 대리인은 과세관청의 경정청구 거부처분에 대해 취소를 구할 법률상 이익이 없다고 보아 소를 부적법하다고 판단한 사례가 있습니다(대법원 2003. 9. 23. 선고 2002두1267 판결).
기납부세액 공제와 환급: 납세의무자가 양도소득세를 자진납부한 후 과세관청이 이를 취소하고 종합소득세를 부과한 경우, 당초 납부한 양도소득세는 국세환급금에 해당합니다. 그러나 과세관청이 종합소득세 결정세액에서 이를 기납부세액으로 공제하여 징수고지하였다 하더라도, 이를 국세환급금의 충당으로 볼 수는 없으며, 환급청구권이 발생했음을 이유로 과세처분의 취소를 구할 수는 없다고 판시하였습니다(대법원 1998. 7. 10. 선고 97누12778 판결).
결론적으로, 종합소득세 환급과 관련하여 과세관청의 거부행위가 항고소송의 대상이 되는 처분인지, 그리고 환급청구권의 확정 방식에 따라 소송의 적법 여부가 달라질 수 있으므로 구체적인 사실관계에 대한 법률적 검토가 필요합니다.