반복성 의심을 받을 경우 세무조사에 어떻게 대응해야 하나요?

세무조사 과정에서 반복성이나 중복조사 의심을 받는 경우, 해당 조사가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정·경정하기 위한 '세무조사'에 해당하는지 여부를 조사의 목적, 실시 경위, 질문조사의 대상과 방법, 획득한 자료의 규모 등을 종합적으로 고려하여 대응해야 합니다.

세무조사 대응 시 확인할 핵심 포인트는 다음과 같습니다.

• 세무조사 해당 여부 판단: 단순한 사실관계 확인, 기장 여부 확인, 행정민원서류 발급, 납세자가 자발적으로 제출한 자료의 수령 등은 원칙적으로 재조사가 금지되는 '세무조사'로 보기 어렵습니다. 반면, 납세자의 사업장에 직접 출장하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 장부·서류 등을 검사·조사하는 행위는 실질적인 세무조사로 간주될 가능성이 높습니다.
• 중복조사 금지 원칙: 국세기본법상 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여는 원칙적으로 재조사가 금지됩니다. 만약 과거에 이미 실질적인 세무조사가 이루어졌음에도 불구하고 동일한 세목과 과세기간에 대해 다시 조사가 진행된다면, 이는 중복조사 금지 원칙 위반으로 위법한 처분이 될 수 있습니다.
• 예외 사유 확인: 조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우 등 법령에서 정한 예외적인 사유가 있다면 재조사가 허용될 수 있습니다. 조사관서가 제시하는 조사 사유가 이러한 예외 사유에 해당하는지 면밀히 검토해야 합니다.
• 납세자 권리 보호: 세무조사 과정에서 위법·부당한 절차로 권익을 침해당할 우려가 있다면 납세자보호담당관에게 권리보호요청을 하거나, 과세전적부심사, 이의신청, 심사청구 등 불복 절차를 통해 구제받을 수 있습니다. 또한, 세무대리인의 조력을 받아 조사에 참여하게 하거나 의견을 진술할 권리가 있습니다.

조사 과정에서 과세관청의 행위가 단순한 자료 제출 요구인지, 아니면 실질적인 세무조사인지에 따라 대응 전략이 달라질 수 있으므로, 조사관서가 제시하는 근거 법령과 조사 사유를 명확히 확인하고 필요시 세무 전문가의 도움을 받아 대응하시기 바랍니다.