기업부설연구소의 연구기관장(기관장)은 원칙적으로 연구활동에 직접 종사하는 연구원이 아니거나 종업원에 해당하지 않는 경우 비과세 혜택을 적용받기 어렵습니다.
연구보조비 또는 연구활동비에 대한 비과세 혜택은 「소득세법 시행령」 제12조제12호에 따라 연구기관 등에서 연구활동에 직접 종사하는 자 또는 직접적으로 연구활동을 지원하는 자로서 재정경제부령으로 정하는 자에게 지급하는 월 20만원 이내의 금액에 한하여 적용됩니다. 이때 '직접적으로 연구활동을 지원하는 자'의 범위에서 건물의 일상적 관리, 식사 제공, 차량 운전 종사자는 제외됩니다.
특히 정부출연연구기관 등의 기관장은 종업원에 해당하지 않는 것으로 보아 사원용 주택 합산배제 등 특정 세제 혜택 적용 시 종업원 범주에서 제외되는 사례가 있으며, 연구활동에 직접 종사하지 않고 행정 사무만을 담당하는 경우 비과세 대상에서 제외됩니다. 따라서 기관장이 연구활동에 직접 종사하거나 연구활동을 직접 지원하는 요건을 충족하지 못한다면 해당 비과세 혜택을 적용받을 수 없습니다.