산업안전보건법상 검진항목이 모두 포함된 종합검진을 시행하는 경우, 해당 비용이 비과세 처리되나요?

산업안전보건법상 일반건강진단 항목을 모두 포함하여 실시한 종합건강검진은 법령에서 정한 일반건강진단을 실시한 것으로 인정받을 수 있습니다.

산업안전보건법령에 따라 사업주는 근로자의 건강관리를 위해 일반건강진단을 실시할 의무가 있으며, 사업주가 고용노동부령으로 정하는 건강진단을 실시한 경우에는 그 건강진단을 받은 근로자에 대하여 일반건강진단을 실시한 것으로 봅니다. 여기에는 다른 법령에 따라 일반건강진단의 검사항목을 모두 포함하여 실시한 건강진단이 포함됩니다.

다만, 이러한 건강검진 비용의 세무 처리와 관련하여 유의할 점은 다음과 같습니다.

1. 비과세 적용: 법령에 따라 모든 임직원을 대상으로 일률적으로 실시하는 법정 의무 건강검진 비용은 사업주의 법적 의무 이행 과정으로 보아 근로소득으로 보지 않으며 비과세 복리후생비에 해당합니다.
2. 과세 대상: 법정 검진 외에 회사가 추가로 제공하는 선택형·프리미엄 종합검진, 임원에게만 차등 제공되는 검진, 또는 임직원 가족에게 지원하는 검진 비용 등은 근로자에게 제공된 경제적 이익으로 판단되어 과세 대상 근로소득에 해당할 수 있습니다.
3. 차등 지원 시: 임직원 간 검진 내용이나 비용에 차별을 두는 경우, 그 비용 차액이 사회통념상 타당한 범위를 벗어난다면 해당 차액은 근로소득으로 보아 원천징수하는 것이 타당합니다.

따라서 종합검진을 통해 법정 의무 검진을 대체하는 것은 가능하나, 그 비용 지원이 법정 의무 범위를 초과하여 특정인에게 혜택을 주는 성격이라면 과세 여부를 별도로 검토해야 합니다.