본사 총괄납부 부가세 신고를 하는 경우에도 공장에서 출고된 수출품에 대해 영세율 적용이 가능한가요?

주사업장 총괄납부 사업자라 하더라도 수출 재화에 대한 영세율 적용은 실제 재화가 제조·반출되는 각 사업장에서 이루어지는 것이 원칙입니다.

주사업장 총괄납부 제도는 각 사업장의 납부세액 또는 환급세액을 주된 사업장에서 합산하여 납부하거나 환급받는 제도일 뿐, 각 사업장의 과세표준 신고 의무를 면제하는 것은 아닙니다. 따라서 수출 재화를 제조하여 외국으로 반출하는 공장 사업장에서 해당 수출 건에 대한 영세율 매출을 신고하고, 관련 증빙서류를 제출해야 합니다.

귀사의 경우 본사 명의로 수출 서류가 작성되더라도, 실제 물류 흐름과 제조 주체가 공장이라면 다음과 같이 처리하는 것이 타당합니다.

1. 신고 사업장: 수출 재화를 제조·완성하여 외국으로 반출하는 공장 사업장에서 영세율 매출을 신고하십시오.
2. 증빙 제출: 공장 사업장의 부가가치세 신고 시 수출실적명세서 등 영세율 첨부서류를 공장 사업장 관할 세무서장에게 제출해야 합니다.
3. 총괄납부 처리: 공장 사업장에서 신고한 영세율 매출로 인해 발생한 환급세액은 주사업장(본사)에서 총괄하여 환급받을 수 있습니다.

수출 서류상 명의와 실제 제조 사업장이 달라 발생할 수 있는 소명 요구에 대비하여, 본사와 공장 간의 내부 거래 기록 및 실제 물류 흐름을 입증할 수 있는 증빙을 갖추어 두시기 바랍니다.