재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한이 지난 후 세금계산서를 발급받더라도, 발급일이 확정신고기한 다음 날부터 1년 이내이고 과세표준수정신고서와 경정청구서를 함께 제출하거나 관할 세무서장이 거래사실을 확인하여 결정·경정하는 경우에는 매입세액 공제를 받을 수 있습니다.
다만, 공급시기가 지난 후 확정신고기한 내에 발급받은 경우에는 매입세액 공제가 가능하지만 공급받는 자에게는 공급가액의 0.5%에 해당하는 '세금계산서 지연수취 가산세'가 부과됩니다. 또한, 확정신고기한이 지난 후 1년 이내에 발급받아 매입세액 공제를 받는 경우에도 동일하게 0.5%의 지연수취 가산세가 부과됩니다.
만약 공급시기가 속하는 과세기간의 확정신고기한까지 세금계산서를 발급받지 못하거나, 확정신고기한 다음 날부터 1년이 지난 후에 발급받는 경우에는 원칙적으로 매입세액 공제를 받을 수 없으며, 매입세액을 공제하여 신고할 경우 신고불성실 가산세 및 납부지연가산세 등 추가적인 불이익이 발생할 수 있으므로 주의가 필요합니다.