카드전표 처리 건에 대해 세금계산서가 중복 발행되었으나 취소계산서가 발행되지 않을 때 대응 방법은 무엇인가요?

동일한 거래에 대해 신용카드매출전표와 세금계산서가 중복 발급된 경우, 부가가치세법상 세금계산서를 기준으로 신고하는 것이 원칙이며, 중복 발급된 세금계산서는 수정세금계산서를 발급하여 취소해야 합니다.

공급자가 수정세금계산서를 발급하지 않는 상황이라면 다음과 같이 대응하시기 바랍니다.

1. 공급자에게 수정세금계산서 발급 요청: 공급자에게 '착오에 의한 이중발급' 사유로 당초 세금계산서 작성일자를 작성일로 하여 음(-)의 수정세금계산서를 발급해 줄 것을 강력히 요청하십시오. 이는 공급자의 의무 사항입니다.
2. 매입자발행 세금계산서 제도 활용: 공급자가 정당한 사유 없이 수정세금계산서 발급을 거부하는 경우, 관할 세무서장의 확인을 받아 매입자가 직접 '매입자발행 세금계산서'를 발행할 수 있습니다. 다만, 이 제도는 공급자가 세금계산서를 발급하지 않은 경우에 주로 적용되므로, 이미 발급된 세금계산서의 취소와 관련해서는 관할 세무서 담당 조사관에게 구체적인 절차를 사전 문의하시는 것이 좋습니다.
3. 부가가치세 신고 시 주의사항:
   • 중복 발급된 경우 세금계산서가 우선하므로, 매입세액 공제 시에는 세금계산서 합계표에 기재하여 신고하십시오.
   • 신용카드매출전표 수취세액 공제는 중복 공제 방지를 위해 제외해야 합니다. 즉, 세금계산서로 매입세액을 공제받고, 신용카드매출전표는 공제 대상에서 제외하여 이중 공제가 발생하지 않도록 관리해야 합니다.

공급자가 끝까지 수정세금계산서를 발급하지 않아 세무상 문제가 발생할 우려가 있다면, 해당 거래 사실을 입증할 수 있는 증빙(계약서, 대금 지급 내역 등)을 보관하고 관할 세무서에 사실관계를 소명하여 불이익을 방지하시기 바랍니다.