포괄양도양수 계약서 미작성 및 사업자 양도 신고를 하지 않은 상태에서 세무사가 괜찮다고 하는데 추후 문제가 발생할 가능성이 있는지 궁금합니다.

사업의 포괄양수도 계약서와 사업양도신고서를 제출하지 않은 상태에서 폐업신고를 하셨다면, 추후 세무 당국으로부터 해당 거래가 '재화의 공급'으로 간주되어 부가가치세 과세 대상이라는 통보를 받을 위험이 있습니다.

사업의 포괄양도양수는 부가가치세법상 재화의 공급으로 보지 않아 부가가치세가 과세되지 않는 제도입니다. 이를 인정받기 위해서는 사업장별로 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계해야 하며, 이를 입증할 수 있는 사업양도양수계약서와 사업양도신고서를 관할 세무서에 제출하는 것이 원칙입니다.

현재 겪고 계신 상황에서의 주요 리스크와 대응 방안은 다음과 같습니다.

1. 과세 위험: 세무 당국이 해당 거래를 포괄양도로 인정하지 않을 경우, 양도인(귀하)은 폐업 시 잔존재화 등에 대해 부가가치세를 신고·납부해야 할 의무가 발생합니다. 만약 이를 이행하지 않았다면 가산세가 부과될 수 있습니다.
2. 가산세 부담: 포괄양도에 해당함에도 불구하고 세금계산서를 발급하지 않았거나, 반대로 재화의 공급으로 보아 세금계산서를 발급했으나 실제로는 포괄양도인 경우 등 상황에 따라 과소신고가산세, 납부지연가산세 등이 발생할 수 있습니다.
3. 대응 방안:
   • 계약서 작성: 지인 간의 거래라 하더라도 실질적인 사업의 포괄적 승계가 이루어졌음을 증명할 수 있는 '사업양도양수계약서'를 지금이라도 작성해 두어야 합니다. 이는 추후 세무 조사나 소명 요청 시 가장 중요한 증빙이 됩니다.
   • 소명 준비: 세무서에서 소명 요청이 올 경우, 해당 거래가 사업의 동일성을 유지하며 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계했음을 입증할 수 있는 자료(임대차 계약 승계, 보증금 인수 내역 등)를 준비해야 합니다.
   • 세무 전문가 상담: 현재 세무사가 폐업 신고에 관여하지 않았더라도, 향후 발생할 수 있는 부가가치세 추징 가능성을 대비하여 해당 거래가 포괄양도 요건을 충족하는지 다시 한번 정밀하게 검토받으시길 권장합니다.

사업의 포괄양도 여부는 형식보다 실질이 중요하므로, 계약서가 없다는 이유만으로 무조건 과세되는 것은 아니나 입증 책임이 납세자에게 있다는 점을 유의하시기 바랍니다.