조세심판원 결정례(조심-2022-중-6103, 2023.06.21.)는 쟁점 부품을 수입하는 과정에서 세관장이 발급한 수입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 보아, 해당 수입부가가치세액(매입세액)을 불공제하여 부가가치세를 부과한 처분이 정당하다고 판단한 사례입니다.
이 결정례는 수입 부품의 실질적인 수입자 및 사업 관련성 여부를 판단함에 있어, 세관장이 발급한 수입세금계산서의 적정성과 그에 따른 매입세액 공제 요건을 엄격하게 적용한 결과입니다. 다만, 이후 2025년 5월 13일 조세심판관 합동회의(조심-2022-중-5524)에서는 유사한 글로벌 장비 공급 거래에서 국내 자회사가 설치 서비스 용역을 제공하기 위해 부품을 무상수입한 경우, 해당 자사를 실질적인 수입자로 인정하고 사업 관련성을 확인하여 매입세액 불공제 처분을 취소한 사례도 존재합니다.
따라서 해외 임가공 후 완성품이나 부품을 국내로 반입할 때 부가가치세 매입세액 공제 여부는 다음 사항을 종합적으로 고려하여 판단해야 합니다.
수입 시 납부한 부가가치세는 원칙적으로 매입세액 공제 대상이나, 수입세금계산서가 사실과 다르게 발급되었거나 사업 관련성이 인정되지 않는 경우에는 공제가 제한될 수 있으므로 주의가 필요합니다.