종이세금계산서는 전자세금계산서와 달리 국세청 홈택스에 발급명세를 전송할 의무가 없습니다. 다만, 종이세금계산서를 발급한 경우 부가가치세 신고 시 매출·매입처별 세금계산서합계표를 제출하여 거래 내역을 신고해야 하며, 발급받은 종이세금계산서는 5년 동안 보관할 의무가 있습니다.
전자세금계산서 발급 의무자가 종이세금계산서를 발급하는 경우에는 가산세가 부과될 수 있으므로 주의가 필요합니다. 전자세금계산서 발급 의무 대상자가 의무를 위반하여 종이세금계산서를 발급한 경우, 공급가액의 1%에 해당하는 가산세가 부과됩니다.