직원 급여에서 소득세와 지방소득세가 잘못 원천징수된 경우, 수정신고 대신 연말정산 때 공제하는 것이 가능한가요?

원천징수 과정에서 발생한 소득세 및 지방소득세의 오류는 연말정산 시 공제하는 방식이 아니라, 원천징수의무자인 사업자가 수정된 원천징수이행상황신고서를 제출하여 정정하는 것이 원칙입니다.

연말정산은 해당 과세기간의 근로소득에 대해 최종적인 세액을 계산하는 절차이므로, 이미 납부한 세액에 오류가 있다면 다음과 같은 절차를 통해 바로잡아야 합니다.

1. 원천징수의무자의 수정신고: 사업자는 오류가 발생한 귀속월의 원천징수이행상황신고서를 수정하여 관할 세무서에 제출해야 합니다. 이때 추가 납부할 세액이 있다면 가산세와 함께 납부해야 합니다.
2. 지급명세서 수정: 원천징수세액이 변경되면 근로소득 지급명세서 또한 수정하여 다시 제출해야 합니다.
3. 지방소득세 정정: 소득세 수정신고와 연동하여 관할 지방자치단체에도 지방소득세 수정신고 및 납부 절차를 진행해야 합니다.

만약 연말정산 시점에 이미 오류를 인지했다면, 연말정산 결과에 해당 수정 사항을 반영하여 정산할 수는 있으나, 이는 원천징수의무자가 수정된 지급명세서와 신고서를 바탕으로 정확한 결정세액을 산출했을 때 가능한 것입니다. 단순히 근로자가 연말정산 공제 항목을 통해 오류를 상계하는 것은 불가능하며, 원천징수의무자의 공식적인 수정 절차가 선행되어야 합니다.

오류를 방치할 경우 원천징수납부불성실가산세가 발생할 수 있으므로, 가산세 부담을 최소화하기 위해 오류를 확인한 즉시 수정신고를 진행하시기 바랍니다.