네, 운송사업자의 경우 고속도로 통행료는 사업과 직접 관련된 지출로 인정되어 종합소득세 신고 시 필요경비로 처리될 수 있습니다. 다만, 모든 경비에 대해 적절한 증빙 자료를 보관해야 합니다.