개인사업자의 종합소득세 신고 시 고속도로 통행료는 사업 관련 지출로 인정되어 비용 처리가 가능합니다. 다만, 적격증빙을 갖추는 것이 중요하며, 증빙이 없는 경우 여비교통비 명세서를 작성하여 처리할 수 있습니다.