보험사고로 인한 자동차 수리 시 부가가치세 부담 주체는 보험사가 아니라, 실제 자기 책임하에 수리 용역을 제공받는 사업자(귀하)가 부담하는 것이 원칙입니다.
국세청 유권해석에 따르면, 자동차 수리 용역을 제공하는 사업자는 용역 대가의 지급자(보험사)나 차량 소유자 여부와 관계없이 실제 자기 책임하에 수리 용역을 제공받는 자에게 세금계산서를 발급해야 합니다. 따라서 보험사가 수리비 중 부가가치세를 제외한 금액만을 지급하고, 귀하가 부가가치세를 부담하여 세금계산서를 수령하는 구조는 부가가치세법상 적법한 처리 방식입니다.
다만, 귀하의 경우처럼 해당 차량이 사업과 무관하게 개인적인 용도로만 사용되는 경우라면, 세금계산서를 수령하더라도 해당 매입세액은 사업과 직접적인 관련이 없으므로 매출세액에서 공제받을 수 없습니다. 즉, 부가가치세는 귀하가 최종적으로 부담하게 되며, 이를 매입세액으로 공제하여 환급받을 수는 없습니다.