사업자 단위 과세 제도나 주사업장 총괄 납부 제도를 적용받는 사업자가 자기의 다른 사업장으로 재화를 반출하는 경우 이를 재화의 공급으로 보지 않는 이유는, 동일한 사업자 내에서 이루어지는 내부적인 재화 이동에 대해 불필요한 세금계산서 발급 및 부가가치세 신고·납부 절차를 생략하여 납세자의 행정적 부담을 완화하고 자금 운용의 효율성을 높이기 위함입니다.
부가가치세법상 원칙적으로 사업장이 둘 이상인 경우 각 사업장을 독립된 납세 단위로 보아 사업장별로 세금계산서를 발급하고 신고·납부해야 합니다. 그러나 위 제도들을 적용받는 사업자는 본점(또는 주사무소)에서 납세 의무를 통합하거나 총괄하여 이행하므로, 사업장 간 재화 이동을 실질적인 외부 공급으로 보지 않고 내부적인 재고 이동으로 간주하여 과세 대상에서 제외하는 것입니다.
다만, 주사업장 총괄 납부 사업자의 경우 사업장 간 재화 반출 시 세금계산서를 발급하고 신고하는 경우에는 예외적으로 재화의 공급으로 인정받을 수 있는 선택권이 있습니다. 이는 사업자의 자금 사정이나 내부 관리 목적에 따라 유연하게 대응할 수 있도록 하기 위한 조치입니다.