부가가치세법상 부당행위계산부인 규정은 매입세액 공제 여부와 관계없이 특수관계인과의 거래로 인해 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우 적용될 수 있습니다.
부가가치세법 제29조 제4항에 따른 부당행위계산부인은 특수관계인에게 재화나 용역을 시가보다 낮은 대가로 공급하거나 무상으로 공급하여 조세 부담을 부당하게 감소시킨 경우, 실제 거래가액이 아닌 시가를 과세표준(공급가액)으로 보아 부가가치세를 과세하는 제도입니다. 이 규정은 해당 재화의 매입세액 공제 여부를 요건으로 하지 않습니다.
따라서 매입세액 공제를 받지 못한 재화라 하더라도, 특수관계인에게 시가보다 낮은 대가를 받거나 무상으로 공급하여 부가가치세 부담을 부당하게 감소시켰다고 인정된다면 부당행위계산부인 규정에 따라 시가를 기준으로 부가가치세가 과세될 수 있습니다.
다만, 부가가치세법상 '재화의 공급의제(사업상 증여 등)'는 매입세액이 공제된 재화에 한하여 적용되므로, 매입세액 공제를 받지 못한 재화는 공급의제 대상에서는 제외됩니다. 즉, 두 제도는 적용 요건과 목적이 다르므로 혼동하지 않도록 주의해야 합니다.