세무서와 지방국세청은 국세의 과세표준과 세액을 정확하게 결정하거나 경정하기 위해 납세자에 대한 질문, 장부·서류 검사, 제출 명령 등의 세무조사를 법적으로 수행할 수 있습니다.
세무조사는 단순히 임의로 이루어지는 것이 아니라, 납세자의 신고 내용에 불성실 혐의가 있거나 일정 기간 조사를 받지 않은 경우, 혹은 무작위 추출 방식 등 객관적이고 공정한 기준에 따라 대상자를 선정하여 실시합니다. 세무공무원은 조사 시작 20일 전까지 조사 대상 세목, 기간, 사유 등을 문서로 사전 통지하는 것이 원칙이나, 증거 인멸 우려가 있는 경우에는 사전 통지 없이 조사를 개시할 수도 있습니다.
납세자는 세무조사를 받는 과정에서 변호사, 공인회계사, 세무사 등 전문가의 조력을 받을 권리가 있으며, 세무공무원은 조사 시작 시 납세자권리헌장을 교부하고 그 요지를 설명해야 합니다. 조사 기간은 대상의 규모와 난이도를 고려하여 최소한으로 정해지며, 천재지변 등 정당한 사유가 있다면 연기나 중지 신청이 가능합니다. 조사 결과에 따라 과세 처분이 이루어질 때는 서면으로 통지하며, 납세자는 과세전적부심사청구 등을 통해 권리를 구제받을 수 있습니다.