납품지연으로 인한 지체상금을 잔금에서 차감하고 지급받을 경우, 차감된 금액만큼 세금계산서 발행 금액을 줄여서 발행해도 되나요?

지체상금은 재화나 용역의 공급과 직접적인 대가 관계가 없는 손해배상금의 성격을 가지므로, 이를 이유로 잔금에서 차감하고 지급받더라도 당초 공급가액 전체에 대해 세금계산서를 발급해야 합니다.

부가가치세법상 세금계산서는 재화 또는 용역의 공급 시기에 공급가액 전체를 기준으로 발급하는 것이 원칙입니다. 지체상금은 계약상 의무 불이행에 따른 손해배상금으로, 재화나 용역의 공급에 대한 대가가 아니기 때문에 부가가치세 과세 대상이 아니며 공급가액에서 차감할 수 없습니다.

따라서 다음과 같이 처리하시기 바랍니다.

1. 세금계산서 발급: 지체상금을 차감하기 전의 당초 공급가액 전체 금액으로 세금계산서를 발급해야 합니다.
2. 대금 정산: 실제 입금되는 금액은 지체상금이 차감된 금액이더라도, 세금계산서상의 공급가액은 차감 전 금액으로 유지해야 합니다.
3. 주의사항: 만약 지체상금을 차감한 금액으로 세금계산서를 발행하면, 실제 공급가액보다 적게 발행한 것으로 보아 가산세 등의 불이익이 발생할 수 있습니다.

지체상금은 부가가치세 과세표준에서 제외되는 항목이 아니며, 공급가액에서 직접 깎아주는 '매출에누리'와는 성격이 다르므로 혼동하지 않도록 주의하시기 바랍니다.