24, 25 귀속 종합소득세 신고 시 중소기업특별세액감면과 통합투자세액공제의 중복적용이 배제되나요?

2024년 및 2025년 귀속 종합소득세 신고 시에도 중소기업에 대한 특별세액감면과 통합투자세액공제는 동일한 과세연도에 중복하여 적용할 수 없으며, 둘 중 하나만을 선택하여 적용해야 합니다.

조세특례제한법 제127조 제4항에 따라 내국인이 동일한 과세연도에 세액감면 규정과 세액공제 규정을 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 그중 하나만을 선택하여 적용받아야 합니다. 중소기업에 대한 특별세액감면은 세액감면 유형에 해당하고, 통합투자세액공제는 세액공제 유형에 해당하므로 원칙적으로 중복 적용이 배제됩니다.

다만, 다음의 경우에는 예외적으로 중복 적용이 가능하거나 별도의 검토가 필요합니다.

• 이월공제액의 적용: 통합투자세액공제액이 최저한세 적용 또는 결손금 발생으로 인해 당해 연도에 공제받지 못하고 이월된 경우에는, 동일 과세연도에도 최저한세의 범위 내에서 세액감면과 해당 이월공제액을 중복하여 적용할 수 있습니다.
• 구분경리: 세액감면을 적용받는 사업과 그 밖의 사업을 구분경리하는 경우로서, 그 밖의 사업에 공제규정이 적용되는 경우에는 중복지원에 해당하지 않습니다.

따라서 당해 연도에 발생한 공제와 감면을 동시에 적용받으려는 경우라면 반드시 하나를 선택해야 하며, 이월된 공제액이 있다면 최저한세 범위 내에서 적용 가능 여부를 검토하시기 바랍니다.