배달대행업자가 프로그램 회사의 캐시 충전(카드결제)을 통해 배달기사 용역비를 지급하는 경우, 해당 카드결제 금액에 대해 부가가치세 매입세액 공제를 받을 수 있나요?

배달대행업자(A)가 프로그램 회사(B)의 캐시를 충전하며 결제한 카드매출전표를 근거로 매입세액 공제를 받는 것은 원칙적으로 불가능할 가능성이 매우 높습니다.

부가가치세법상 매입세액 공제는 재화나 용역을 실제로 공급한 사업자로부터 적격증빙(세금계산서, 신용카드매출전표 등)을 수취해야 가능합니다. 귀하께서 의문을 제기하신 것처럼, 현재의 거래 구조는 다음과 같은 이유로 매입세액 공제 요건을 충족하기 어렵습니다.

1. 공급자와 결제 대상의 불일치

매입세액 공제는 재화나 용역을 공급한 자가 발급한 증빙이어야 합니다. 프로그램 회사(B)는 배달대행업자(A)에게 배달 용역을 직접 제공하는 주체가 아니라, 단순히 배달기사에게 용역비를 전달하는 결제 대행 또는 중개 역할을 수행하는 것으로 보입니다. 따라서 B사가 발행한 카드매출전표는 실제 배달 용역을 제공한 배달기사로부터 받은 증빙이 아니므로, 세법상 매입세액 공제 대상이 아닙니다.

2. 용역의 공급 주체 문제

배달기사님들은 배달대행업자(A)와 직접적인 업무 관계를 맺고 용역을 제공하는 주체입니다. B사는 이들의 용역비를 정산해주는 시스템을 제공할 뿐, B사가 배달기사님들의 용역을 매입하여 A사에게 재판매하는 구조가 아니라면, B사 명의의 카드결제는 실제 용역 공급에 대한 대가 지급으로 인정받기 어렵습니다.

3. 실질과세 원칙 및 증빙의 적격성

세법은 실질과세 원칙을 따릅니다. A사가 B사에 캐시를 충전하는 행위는 용역의 공급에 대한 대가 지급이라기보다 '용역비 지급을 위한 자금 예치' 성격이 강합니다. 만약 B사가 수수료를 받는다면 그 수수료 부분에 대해서만 B사로부터 세금계산서를 발급받아야 하며, 배달기사님들에게 지급되는 용역비 자체는 기사님들이 사업자라면 세금계산서를, 인적용역이라면 원천징수 대상이 되어야 합니다.

향후 확인 및 대응 방안

• 거래 구조 재검토: B사가 배달기사님들의 용역을 직접 매입하여 A사에게 공급하는 구조인지, 아니면 단순 결제 대행인지 계약서를 확인하십시오. 만약 단순 대행이라면 현재의 카드 공제는 추후 세무조사 시 매입세액 불공제 및 가산세 추징 대상이 될 수 있습니다.
• 적격증빙 수취: 배달기사님들이 사업자라면 기사님들로부터 직접 세금계산서를 발급받거나, 인적용역 제공자라면 원천징수 의무를 이행하는 것이 정석입니다.
• 전문가 상담: 현재의 캐시 충전 방식이 B사의 어떤 서비스(수수료 등)에 대한 결제인지, 아니면 기사님들의 용역비 대납인지에 따라 세무 처리가 완전히 달라지므로, 관련 계약서와 증빙을 지참하여 세무사 등 전문가의 정밀 검토를 받으시길 권장합니다.