연구개발비 세액공제를 받으려고 하는데 연구원 두 명 중 전담 한 명이 주주이고 보조는 일반 직원인 경우 세액공제를 받을 수 있나요?

연구개발비 세액공제 대상 인건비는 연구전담요원 및 연구보조원의 인건비를 포함하나, 주주인 임원으로서 특정 요건에 해당하는 자는 세액공제 대상에서 제외됩니다.

귀하의 경우, 연구전담요원인 주주가 다음 중 어느 하나에 해당한다면 해당 인건비는 세액공제 대상에서 제외됩니다.

• 주식매수선택권을 모두 행사할 경우 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하게 되는 자
• 지배주주 등으로서 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하는 주주
• 위 주주와 특수관계인인 자(단, 법인세법 시행령에 따른 임원인 경우 제외)

따라서 전담요원인 주주가 위 요건에 해당하지 않는 일반 주주이거나 임원이 아니라면 인건비 세액공제가 가능할 수 있습니다. 다만, 연구보조원은 연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하는 경우 공제 대상에 포함되나, 연구개발과 무관한 행정사무를 담당하는 관리직원은 공제 대상에서 제외됩니다.

또한, 세액공제를 받기 위해서는 다음 사항을 반드시 확인해야 합니다.

1. 연구전담부서 등록: 연구소 또는 전담부서가 과학기술정보통신부장관 등의 인정을 받은 상태여야 하며, 등록 전 지출한 비용은 공제받을 수 없습니다.
2. 전업성 요건: 연구전담요원 및 연구보조원이 연구개발 업무 외에 영업, 관리, 지원 등 다른 업무를 겸직하지 않아야 합니다. 연구와 무관한 업무를 병행하는 경우 해당 인건비는 공제 대상에서 제외될 수 있습니다.
3. 증빙: 연구개발 활동을 직접 수행하거나 보조하고 있음을 입증할 수 있는 증빙이 필요합니다.

구체적인 주식 보유 비율과 임원 여부, 실제 수행 업무 등을 종합적으로 검토하여 세액공제 대상 여부를 판단하시기 바랍니다.