사업자등록을 한 후 정당한 사유 없이 사업을 시작하지 않거나 사실상 폐업 상태에 있는 경우, 무실적 신고를 꾸준히 하더라도 관할 세무서장은 실질적인 사업 영위 여부를 확인하여 직권으로 사업자등록을 말소할 수 있습니다.
부가가치세법상 사업자등록 직권 말소 사유에는 '사업자가 정당한 사유 없이 계속하여 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 부가가치세를 신고하지 아니하고 사실상 폐업상태에 있는 경우'가 포함되어 있습니다. 귀하의 경우처럼 매출과 매입을 특정 사업장으로 집중하고 나머지 사업장에서 실질적인 사업 활동이 전혀 이루어지지 않는다면, 세무서에서는 해당 사업장들이 사실상 폐업 상태에 있다고 판단할 가능성이 있습니다.
사업을 실제로 운영하지 않는 사업장이 있다면, 불필요한 세무 리스크와 행정적 번거로움을 피하기 위해 정식으로 폐업 신고를 하시는 것을 권장합니다.