비영리법인의 임대료 수입은 원칙적으로 부가가치세 과세 대상이나, 법령에서 정한 공익 목적의 임대 용역에 해당할 경우 부가가치세가 면제됩니다.
부가가치세가 면제되는 주요 임대 용역
주택과 그 부수토지의 임대: 상시 주거용으로 사용하는 주택과 이에 부수되는 토지의 임대 용역은 부가가치세가 면제됩니다. 단, 주택의 연면적이나 건물이 정착된 면적의 일정 배수를 초과하는 토지 부분은 과세될 수 있습니다.
공동주택 어린이집 임대: 「공동주택관리법」에 따른 관리주체나 입주자대표회의가 제공하는 공동주택 내 어린이집 임대 용역은 면제됩니다.
문화재 관련 종교단체의 임대: 「문화유산의 보존 및 활용에 관한 법률」 등에 따른 지정문화유산 등을 소유하거나 관리하는 종교단체가 해당 전통사찰보존지 및 그 안의 건물·공작물을 임대하는 용역은 면제됩니다.
공익 목적의 일시적·실비 임대: 주무관청에 등록된 공익 목적 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역은 면제 대상입니다. 다만, 계속적·반복적으로 운영하는 수익사업(예: 소유 부동산의 일반적인 임대 및 관리사업)은 면제되지 않습니다.
주의사항
수익사업과의 구분: 비영리법인이 고유목적사업과 별개로 계속적·반복적으로 영위하는 부동산 임대업은 법인세법상 수익사업에 해당하며, 부가가치세법상으로도 면세 규정에 해당하지 않는 한 과세 대상입니다.
실질 판단: 공부상 용도와 관계없이 실제 임차자가 상시 주거용으로 사용하는지 여부에 따라 면세 여부를 판단합니다. 또한, 주택과 사업용 건물이 함께 있는 경우 주택 부분의 면적 비율에 따라 면세 범위를 계산해야 합니다.
면세 포기: 면세되는 임대 용역이라 하더라도 사업자가 면세 포기 신고를 하면 부가가치세를 과세받을 수 있습니다.