종합소득세 부과 제척기간이 만료되면 국가의 부과권이 소멸하여 납세의무자의 납부의무도 함께 소멸합니다. 부과제척기간이란 국가가 세금을 부과할 수 있는 법정 기간을 의미하며, 이 기간이 지나면 과세관청은 과세표준이나 세액을 변경하는 어떠한 결정이나 경정도 할 수 없습니다. 만약 제척기간이 경과한 후에 이루어진 과세처분이 있다면 이는 당연무효에 해당합니다.
일반적인 종합소득세의 부과제척기간은 법정신고기한의 다음 날부터 5년입니다. 다만, 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 않은 경우에는 7년, 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 10년의 제척기간이 적용됩니다. 역외거래와 관련된 경우에는 각각 7년, 10년, 15년으로 기간이 연장될 수 있습니다.
또한, 조세불복 결정이나 판결 확정, 경정청구 등 특정한 사유가 발생한 경우에는 일반적인 제척기간이 만료되었더라도 예외적으로 특례 제척기간이 적용되어 추가적인 처분이 가능할 수 있습니다. 따라서 구체적인 상황에 따라 제척기간의 기산일과 적용 기간이 달라질 수 있으므로 주의가 필요합니다.