사업자가 상업용 건물을 매도하는 경우, 해당 건물은 부가가치세 과세대상 재화의 공급에 해당하여 원칙적으로 건물 가액의 10%에 해당하는 부가가치세를 거래징수하여 납부해야 합니다. 다만, 토지와 건물을 함께 공급하는 경우 토지는 면세 대상이므로 건물 가액만을 과세표준으로 하여 부가가치세를 계산해야 합니다.
토지와 건물을 함께 공급할 때 실지거래가액 중 건물 가액이 구분되지 않거나, 구분한 가액이 기준시가 등에 따른 안분계산액과 30% 이상 차이가 나는 경우에는 기준시가 등에 비례하여 안분계산한 금액을 건물 공급가액으로 합니다. 단, 다른 법령에 따라 가액을 구분했거나 건물을 철거하고 토지만 사용하는 등 예외적인 경우에는 실지거래가액을 인정받을 수 있습니다.
사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 '사업의 양도'에 해당하는 경우에는 재화의 공급으로 보지 않아 부가가치세가 과세되지 않습니다. 이 경우 양도인은 폐업 시 사업양도신고서와 사업양도양수계약서를 제출해야 합니다.
구체적인 거래 형태나 계약 조건에 따라 적용 여부가 달라질 수 있으므로, 실제 매매 시에는 계약서 작성 단계에서 세무 전문가의 검토를 받으시는 것을 권장드립니다.