납부지연가산세는 미납 기간에 따른 '지연이자 성격의 일할 계산분'과 납부고지 후에도 납부하지 않았을 때 부과되는 '체납 제재 성격의 3% 가산세'가 합쳐진 구조입니다.
홈택스에서 자진 납부서를 출력할 때는 아직 납부고지서가 발송되기 전이므로, 법정납부기한 다음 날부터 납부일까지의 기간에 대해 1일 10만분의 22(0.022%)를 적용한 지연이자 성격의 가산세만 계산됩니다. 반면, 세무서에서 받은 납부고지서에 3%가 추가된 이유는 납세고지서에 기재된 지정납부기한까지 세금을 완납하지 않아 체납에 대한 제재가 발생했기 때문입니다.
참고로, 2026년 7월 1일 이후 지정납부기한이 도래하는 분부터는 납부지연가산세 산정 방식이 개편되어, 법정납부기한부터 납부고지일까지는 1일 0.022%의 이자율이 적용되고, 지정납부기한부터 납부일까지는 1개월마다 0.67%의 이자율이 적용되는 등 체납 이후의 산출 단위가 변경되었습니다. 다만, 2026년 6월 30일 이전에 지정납부기한이 경과한 경우에는 종전의 규정이 적용됩니다.