종합소득세 수정신고를 통해 세액이 변경된 경우, 기존에 납부한 세액은 새로 확정된 세액에서 공제되며, 차액에 따라 추가 납부하거나 환급받게 됩니다.
수정신고를 통해 최종 결정세액이 기존 납부세액보다 많다면 그 차액만큼을 추가로 납부해야 하며, 반대로 결정세액이 기존 납부세액보다 적다면 그 차액은 국세환급금으로 결정되어 환급받을 수 있습니다. 다만, 환급금이 발생하더라도 체납된 국세나 강제징수비가 있다면 해당 금액에 우선 충당된 후 남은 금액이 지급됩니다.
세무사를 통해 새로 신고를 진행하셨더라도, 기존 납부액이 자동으로 소멸하거나 새로 납부한 금액이 기존 납부액을 대체하는 방식이 아니라, 국세청 시스템상 '기납부세액'으로 반영되어 최종 정산되는 구조입니다. 따라서 수정신고 결과에 따라 추가 납부할 세액이 있다면 기한 내에 납부하셔야 하며, 환급받을 세액이 있다면 관할 세무서의 환급 결정 절차를 거쳐 지급받게 됩니다.