도소매업에서 원재료 비용에 대한 부가가치세 공제는 원칙적으로 매입세액 공제 방식으로 이루어집니다. 사업자가 물품 등을 구입할 때 부담한 부가가치세, 즉 매입세액을 매출세액에서 차감하여 부가가치세 납부세액을 계산합니다. 다만, 면세 농산물 등을 구입하여 과세 재화 또는 용역을 공급하는 경우, 직접 부담한 부가가치세가 없더라도 한도액 내에서 구입가액의 일정 비율을 매입세액으로 간주하여 공제받을 수 있는데, 이를 의제매입세액 공제 제도라고 합니다.