공급의제 자체가 매입세액 공제를 전제로 하므로, 감가상각자산의 공급의제 시 취득가액 산정에서도 매입세액이 공제된 감가상각자산만을 고려하겠다는 의미인가요?

맞습니다. 감가상각자산의 공급의제 시 취득가액을 '매입세액을 공제받은 해당 재화의 가액'으로 규정한 것은, 공급의제 제도가 당초 공제받았던 매입세액을 사후적으로 정산(회수)하여 과세 형평을 맞추기 위한 제도이기 때문입니다.

공급의제(간주공급)는 사업자가 매입세액을 공제받아 부가가치세 부담 없이 취득한 재화를 사업과 무관하게 소비하거나 면세사업에 전용하는 경우, 이를 재화의 공급으로 보아 과거에 공제받은 매입세액을 매출세액으로 납부하게 하는 장치입니다. 따라서 매입세액을 공제받지 못한 재화는 애초에 공급의제 대상에서 제외되며, 취득가액 산정 시에도 매입세액이 공제된 가액만을 기준으로 삼아 실제 공제받은 세액만큼을 정산의 기초로 활용하는 것입니다.