복수 사업장을 운영하는 경우, 일부 사업장이라도 추계로 신고한다면 해당 과세기간 전체에 대해 통합고용세액공제를 적용받을 수 없습니다.
조세특례제한법 제128조 제1항에 따라 소득세법상 추계조사결정 또는 경정을 하는 경우에는 통합고용세액공제를 포함한 각종 세액공제 및 감면 적용이 배제됩니다. 또한, 소득세법 시행령 제85조 제5항에 따라 2개 이상의 사업장 중 일부 사업장에 대해 추계조사결정 또는 경정을 받은 경우, 해당 사업장은 수입금액이 없는 것으로 간주하며, 동일 사업장 내에서 기장과 추계를 혼합하여 소득금액을 계산하는 것도 허용되지 않습니다.
따라서 통합고용세액공제 혜택을 유지하기 위해서는 모든 사업장에 대해 장부를 비치·기장하여 실지조사결정을 받을 수 있도록 신고해야 합니다.