법인 내 본점과 지점 간의 자산 이동은 법인이라는 하나의 실체 내에서 이루어지는 내부 거래이므로, 지점의 건물과 토지를 본점 장부로 이전하여 정리하는 것은 회계적으로 가능합니다.
다만, 이 과정에서 고려해야 할 세무 및 실무적 사항은 다음과 같습니다.
부가가치세 및 계산서 발급: 법인의 본점과 지점 간 재화의 이동은 부가가치세법상 재화의 공급으로 보지 않으므로 세금계산서 발급 대상이 아닙니다. 또한, 법인세법상 본지점 간 자금이체 거래나 재화의 이동은 계산서 발급 대상이 아니므로 별도의 계산서를 발행할 필요가 없습니다.
취득세 중과세 검토: 가장 주의해야 할 점은 취득세 중과세 여부입니다. 대도시(과밀억제권역) 내에서 법인이 본점이나 지점을 설치·전입하거나, 대도시 내 부동산을 취득할 때 취득세가 중과될 수 있습니다. 특히 본점과 지점의 실질적인 기능이 이전되거나, 대도시 내 사업장 설치로 간주되는 경우 취득세가 중과될 위험이 있으므로, 해당 부동산의 취득 목적과 실질적인 사업장 운영 현황을 사전에 검토해야 합니다.
장부 정리: 회계상으로는 지점의 자산을 본점으로 대체하는 분개를 수행하며, 이 과정에서 지점의 장부가액과 본점의 취득가액 등을 명확히 기록해야 합니다. 본지점 간 자금 정산은 내부적인 계정 대체로 처리됩니다.
실질적인 본점과 지점의 기능이 변경되는 경우 지방세법상 중과세 대상이 될 수 있으므로, 부동산 소재지 관할 지자체의 취득세 중과세 규정을 반드시 확인하시기 바랍니다.