부가가치세 신고가 완료된 과세기간에 세금계산서를 착오로 이중발급한 경우, 해당 세금계산서에 대해 음(-)의 수정세금계산서를 발급하면 세금계산서 발급 관련 가산세는 부과되지 않습니다.
세금계산서 이중발급은 수정세금계산서 발급 사유에 해당하며, 이중발급을 인식한 날에 당초 발급한 세금계산서의 내용대로 음(-)의 표시를 하여 수정세금계산서를 발급하면 됩니다. 이 경우 세금계산서 발급 불성실 가산세나 매출처별 세금계산서 합계표 제출 불성실 가산세 등 세금계산서 관련 가산세는 적용되지 않습니다.
다만, 수정세금계산서 발급으로 인해 당초 신고한 과세표준이나 세액에 변동이 생겨 과소신고가 발생하거나 환급세액이 과다하게 신고된 경우에는 과소신고·초과환급신고 가산세 및 납부·환급불성실 가산세가 별도로 적용될 수 있습니다. 이 경우 수정신고를 통해 가산세를 감면받을 수 있으며, 법정신고기한이 지난 후 수정신고 시점에 따라 가산세액의 10%에서 90%까지 감면이 가능합니다.