매입세액 공제란 사업자가 재화나 용역을 공급받을 때 부담한 부가가치세를, 본인이 매출을 일으킬 때 거래징수한 부가가치세에서 차감하여 최종적으로 납부할 세액을 계산하는 제도를 말합니다.
부가가치세는 사업자가 물건을 팔 때 소비자로부터 받은 '매출세액'에서, 물건을 사 올 때 부담한 '매입세액'을 뺀 금액을 납부하는 구조입니다. 따라서 매출이 발생하여 부가가치세를 납부해야 하는 과세사업자라면, 사업을 위해 지출한 비용에 포함된 매입세액을 공제받아 실제 납부할 세금을 줄일 수 있습니다.
사업자는 물건을 팔기 위해 원재료를 사거나 비품을 구입하는 등 다양한 매입 활동을 합니다. 이때 공급자에게 부가가치세를 이미 지불했으므로, 이를 매출세액에서 빼주지 않으면 이중과세 문제가 발생합니다. 따라서 국가에서는 사업자가 부담한 매입세액을 매출세액에서 공제하여, 사업자가 실제로 부가가치를 창출한 부분에 대해서만 세금을 내도록 조정하는 것입니다.