법인의 지점에서도 사업소득에 대한 원천징수를 할 수 있으며, 해당 지점이 독립채산제에 따라 독자적으로 회계사무를 처리하는 경우에는 그 지점의 사업장 소재지를 원천징수세액의 납세지로 하여 원천징수 및 신고·납부를 수행할 수 있습니다.
법인의 원천징수세액 납세지는 원칙적으로 본점 또는 주사무소의 소재지이나, 지점 등이 독립채산제에 따라 독자적으로 회계사무를 처리하는 경우에는 그 사업장 소재지를 납세지로 할 수 있습니다. 이 경우 해당 지점이 원천징수의무자가 되어 원천징수이행상황신고서를 작성하고 관할 세무서에 제출해야 합니다.
다만, 법인이 지점 등에서 지급하는 소득에 대한 원천징수세액을 본점의 전자계산조직을 통해 일괄 계산하여 본점 소재지에서 일괄 납부하고자 하는 경우에는 본점 관할 세무서장에게 '원천징수세액 본점일괄납부신고서'를 제출하여 승인을 받거나, 「부가가치세법」에 따른 사업자단위과세사업자로 등록하여 본점 소재지를 납세지로 일괄 처리할 수도 있습니다. 이 경우 원천징수의무는 지점에 있으나 납세지는 본점 소재지가 됩니다.