세금우대종합저축에서 발생하는 이자소득 및 배당소득에 대해서는 9%의 세율(소득세 9%)이 적용되며, 「지방세법」에 따른 개인지방소득세는 부과되지 않습니다.
세금우대종합저축은 2014년 12월 31일까지 가입한 저축에 한하여 적용되는 과세특례로, 해당 저축에서 발생하는 소득은 종합소득과세표준에 합산되지 않고 원천징수로 납세의무가 종결되는 분리과세 대상입니다. 다만, 계약일부터 1년 이내에 해지하거나 인출하는 등 요건을 갖추지 못한 경우에는 감면받은 세액 상당액이 추징될 수 있습니다.
참고로, 현재는 세금우대종합저축의 신규 가입이 중단되었으며, 2015년 1월 1일부터는 비과세종합저축 제도로 통합되어 운영되고 있습니다.